Peu à peu, l' influence du Songhaï se fit sentir jusque dans la région de Tombouctou, dont la fondation en tant que ville remonte, admet- on généralement, au début du XIIe siècle, jusque dans la zone des lacs et des inondations du Niger et même jusqu' à Oualata. Cependant, un puissant rival s' était levé dans l' Ouest, sur le bief occidental du Niger: l' empire du Manding ou Mali. En 1325, les troupes de l' empereur mandingue Gongo- Moussa ou Kankan- Moussa s' emparent de Gao et le Songhaï devient vassal du Manding. Dix ans plus tard, la dynastie des dia est remplacée par celle des sonni, soun, san ou chi, qui appartenait d' ailleurs à la même famille. Le premier prince sonni du Songhaï, Ali- Kolen (ou Ali- Kolon ou Ali- Golom), inaugura ce que l' on appellera le Second empire songhaï, en secoua en partie la tutelle du Manding (Empire du Mali) dès 1335, en rompant les liens de vassalité qui attachaient le Songhaï au Mali; toutefois Tombouctou et Oualata demeurèrent au pouvoir de ce dernier État, ainsi que la région des lacs, le Massina (Macina) et Djenné, et le Mali resta encore quelque temps un empire puissant.




Un siècle après, vers 1430, le chef touareg Akil parvint à chasser la garnison mandingue de Tombouctou et à se rendre maître de cette ville, qui tomba ensuite entre les mains l' empereur du Songhaï le sonni Ali, dit Ali- le- Grand, (30 janvier 1468). Celui- ci entrait en vainqueur à Djenné vers 1473 et, après avoir annexé à son royaume la région des lacs et Oualata, enlevait à l' autorité du mansa mandingue une bonne partie du Massina, où des Peul venus du Termès, obéissant à un chef de la famille Diallo, s' étaient installés vers le début du XVe siècle avec l' autorisation du gouverneur mandingue du Bagana. Ali donnait ainsi pour la première fois au Songhaï une extension qui en faisait un concurrent redoutable pour l' empire mandingue.